หอจดหมายเหตุมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงดำเนินการจัดเก็บเอกสารตามหลักของ จดหมายเหตุและสามารถให้บริการ โดยกำหนดเลขหมวดหมู่เพื่อให้บริการดังนี้
1.เอกสาร มฟล. หมวด อ. มฟล.
หมายถึง เอกสารการประชุม การดำเนินงานต่างๆ ของมหาวิทยาลัย โดยจัดกลุ่มตามหน่วยงาน แบ่งเป็น 4 กลุ่ม ดังนี้ เอกสารของสำนักวิชา เอกสารของศูนย์ เอกสารของสำนักงานบริหารกลาง และเอกสารสำนักงานวิชาการ
2. เอกสารเชียงราย หมวด อ. ชร. หมายถึงเอกสารและสิ่งพิมพ์ที่เกี่ยวกับจังหวัดเชียงรายและเอกสารที่เกี่ยวข้องกับมหาวิทยาลัยก่อนการจัดตั้งมหาวิทยาลัย จากสำนักงานจังหวัดเชียงราย อาทิเช่น เอกสารสัญญาประชาคม เอกสารจากคณะกรรมการรณรงค์เพื่อจัดตั้งมหาวิทยาลัยและรถไฟเชียงราย เป็นต้น
3. สิ่งพิมพ์ มฟล. หมวด สพ มฟล.
หมายถึง ข่าว วารสาร จดหมายข่าว และสิ่งพิมพ์อื่นๆ ที่มีลักษณะเผยแพร่อย่างต่อเนื่อง รวมทั้งสิ่งพิมพ์พิเศษ อาทิเช่น รายงานประจำปี เอกสารสารสนเทศประจำปี 5ส ใส่ใจ รอบดอยแง่ม ที่นี่ดอยแง่ม จุลสารวิจัย สูจิบัตร แผ่นพับประชาสัมพันธ์ของมหาวิทยาลัย โปสเตอร์ กฤตภาค เป็นต้น
4.ภาพ มฟล. หมวด ภ. มฟล.
หมายถึง ภาพถ่ายเหตุการณ์สำคัญต่างๆ ของมหาวิทยาลัย ภาพกิจกรรม ภาพการก่อสร้างของมหาวิทยาลัยตั้งแต่ปี 2541 ภาพถ่ายทางอากาศของมหาวิทยาลัย เป็นต้น
5. ของที่ระลึก หมวด ข มฟล.
หมายถึง วัสดุหรือสิ่งของใดๆ ที่ใช้ตราสัญลักษณ์มหาวิทยาลัยหรือจัดทำขึ้นในโอกาสพิเศษ กิจกรรมพิเศษ รวมทั้งของที่ระลึกจากหน่วยงานอื่นๆ ที่มอบให้
6. แผนที่ หมวด ผ มฟล.
หมายถึง แผนที่ของจังหวัดในภาคเหนือ แผนที่แผนผังของมหาวิทยาลัย
7. โสตทัศนวัสดุ หมวด ส มฟล.
หมายถึง เทปคลาสเซท วีซีดี ดีวีดี วีดิทัศน์ ที่เกี่ยวข้องกับมหาวิทยาลัย
8. เอกสารส่วนบุคคล หมวด สบ มฟล.
หมายถึง เอกสารส่วนบุคคลสำคัญที่มีคุณค่าต่อมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เช่นเอกสารของอธิการบดี
9. จดหมายเหตุสมเด็จย่า หมวดลงท้ายอักษร ส
หมายถึง เอกสาร สิ่งพิมพ์ วัสดุ ของที่ระลึก เกี่ยวกับสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี อาทิ เช่น หนังสือ สูจิบัตร ปฏิทิน วิดิทัศน์ เหรีญ แสตมป์ ฯลฯ
10. จดหมายเหตุท้องถิ่นและลุ่มน้ำโขง หมวด ลงท้ายด้วยอักษร ทข
หมายถึง เอกสารวัตถุจดหมายเหตุที่เกี่ยวข้องกับท้องถิ่นภาคเหนือ และกลุ่มประเทศในอนุภูมิภาคลุทมน้ำโขง
(พม่า ลาว กัมพูชา เวียดนาม)
11. เบ็ดเตล็ด/เอกสารอื่น ๆ หมวด ลงท้ายอักษร บ
หมายถึงเอกสารหรือวัตถุจดหมายเหตุที่สำคัญ โดยจัดหมวดเป็นเรื่องใดเรื่องหนึ่งพิเศษ เช่นหนังสือหายาก เป็นต้น
