หน่วยตรวจสอบภายในเป็นหน่วยงานที่จัดตั้งขึ้นตามระเบียบมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ว่าด้วย การเงินและทรัพย์สินของมหาวิทยาลัย ทำหน้าที่ตรวจสอบบัญชีการเงินและทรัพย์สิน ตรวจสอบการบริหาร การดำเนินงานทั้งทางเอกสารและคอมพิวเตอร์ เพื่อให้ฝ่ายบริหารเกิด ความมั่นใจ อย่างสมเหตุสมผลว่า กระบวนการกำกับดูแลและผลการดำเนินงานบรรลุวัตถุประสงค์ การควบคุมภายในมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล การใช้จ่ายเงินคุ้มค่า ข้อมูลทางการเงินมี ความถูกต้อง เชื่อถือได้ และมีการปฏิบัติตามกฎ ระเบียบที่เกี่ยวข้อง