สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งโดยสภามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2555 เพื่อสนองต่อนโยบายของรัฐในด้านการเสริมสร้างสุขภาพของประชาชนอย่างครบวงจร และมีคุณภาพมาตรฐาน ยกระดับคุณภาพของระบบหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า ปฏิรูประบบบริหารจัดการทางการแพทย์และสาธารณสุขให้มีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการพัฒนาและเพิ่มจำนวนแพทย์เพื่อสนองตอบตามความต้องการของ ท้องถิ่นในเขตภาคเหนือตอนบน สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้รับการรับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต จากแพทยสภา เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2556 และทำการเปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา 2556 จำนวน 32 คน โดยมี พลโท ศาสตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์ นพดล วรอุไร อดีตประธานราชวิทยาลัยศัลยแพทย์แห่งประเทศไทย ดำรงตำแหน่งคณบดีสำนักวิชาแพทยศาสตร์