สถาบันศิลปวัฒนธรรมและอารยธรรมลุ่มน้ำโขง มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้รับการประกาศจัดตั้งอย่างเป็นทางการในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๑๙ กรกฏาคม ๒๕๖๗ เพื่อขับเคลื่อนการวิจัย พัฒนา และเผยแพร่องค์ความรู้ด้านศิลปวัฒนธรรมและอารยธรรมล้านนาและลุ่มน้ำโขง เชื่อมโยงเครือข่ายความร่วมมือทั้งในประเทศและต่างประเทศ เพื่อธำรงคุณค่าทางวัฒนธรรมและสร้างสรรค์สังคมแห่งปัญญาอย่างยั่งยืน
การจัดตั้งสถาบันแห่งนี้เริ่มต้นจาก โครงการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์อารยธรรมลุ่มน้ำโขง ซึ่งเป็นโครงการสำคัญที่เกิดขึ้นจากวิสัยทัศน์ของ ศาสตราจารย์พิเศษ ดร.วันชัย ศิริชนะ อธิการบดีผู้ก่อตั้งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง และนายกสภามหาวิทยาลัยในปัจจุบัน ท่านเป็นผู้ริเริ่มแนวคิดและผลักดันให้มหาวิทยาลัยจัดตั้งพิพิธภัณฑ์ขึ้นเมื่อปี พ.ศ.๒๕๔๗ เพื่อเป็นแหล่งรวบรวม อนุรักษ์ และเผยแพร่ศิลปวัฒนธรรมของล้านนาและภูมิภาคลุ่มน้ำโขงอันทรงคุณค่า
พิพิธภัณฑ์อารยธรรมลุ่มน้ำโขงได้เติบโตและขยายบทบาทอย่างต่อเนื่อง จนได้รับการยกระดับเป็น สถาบันศิลปวัฒนธรรมและอารยธรรมลุ่มน้ำโขง ในปัจจุบัน ซึ่งยังคงสืบสานเจตนารมณ์ของผู้ก่อตั้งในการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมล้านนาและลุ่มน้ำโขงให้คงอยู่คู่สังคมไทยและภูมิภาคอย่างยั่งยืน.
