สถาบันชาและกาแฟ มีภารกิจในการติดตามนโยบาย ประสานความร่วมมือระหว่างภาครัฐ และภาคเอกชน เพื่อเพิ่มโอกาสในการแข่งขันของอุตสาหกรรมชาและกาแฟไทย เป็นศูนย์กลางประสานความร่วมมือและสร้างเครือข่ายงานวิจัยชา กาแฟทั้งในและต่างประเทศ รวบรวม วิเคราะห์ สังเคราะห์ เผยแพร่ และถ่ายทอดองค์ความรู้ที่เกี่ยวกับชา กาแฟ รวมถึงสนับสนุนและพัฒนาอุตสาหกรรมชา กาแฟ โดยการให้บริการด้านเทคนิค ด้านวิจัยพัฒนา และด้านห้องปฏิบัติการ