มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง (มฟล.) ตระหนักถึงความสัมพันธ์อันเกื้อกูลกันระหว่างคนกับต้นไม้เป็นอย่างดี จึงได้ทุ่มเททั้งกำลังคนและกำลังทรัพย์ในการพลิกฟื้นที่ดินดั้งเดิมของมหาวิทยาลัยซึ่งเป็นป่าเสื่อมโทรม ให้เต็มไปด้วยต้นไม้นานาพรรณ จนกลายเป็น University in the park หรือมหาวิทยาลัยในสวน เพื่อให้ผู้คนทั้งในมหาวิทยาลัยและชุมชนโดยรอบ ไปจนถึงผู้มาเยี่ยมเยือน ได้รับพลังชีวิตจากความสดชื่นนั้น และโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อมหาวิทยาลัยได้รับแรงบันดาลใจจากทั้งพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ในการปลูกฝังจิตสำนึกในการอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม "...ควรจะปลูกต้นไม้ลงในใจคนเสียก่อน  แล้วคนเหล่านั้นก็จะพากันปลูกต้นไม้ลงบนแผ่นดิน และรักษาต้นไม้ด้วยตนเอง" และด้วยเจตนารมณ์อันแน่วแน่ที่จะสนองพระราชปณิธาน ‘ปลูกป่า สร้างคน’ ของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี จึงทำให้การปลูกต้นไม้หรือปลูกป่าของมหาวิทยาลัยขยายความหมายกว้างไปยิ่งขึ้น ต้นไม้ในมหาวิทยาลัยจึงไม่ได้ปลูกขึ้นเพื่อให้ได้ร่มเงาเท่านั้น แต่มีความหวังให้ต้นไม้และพืชพรรณ เหล่านั้นแตกกิ่งใบในจิตใจของผู้คนที่ได้สัมผัสความร่มเย็นนั้นด้วย

ด้วยความพร้อมของลักษณะภูมิประเทศและด้วยเจตนาอันแน่วแน่ที่จะสร้างพื้นที่ทุกตารางเมตรของมหาวิทยาลัยให้มีความร่มรื่นและมีสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติ ที่นักศึกษาและประชาชนสามารถมาศึกษาหาความรู้ทางพฤกษศาสตร์ได้ ในลักษณะที่เป็นอุทยานการศึกษาทางพฤกษศาสตร์ มหาวิทยาลัยจึงได้ดำริที่จะพัฒนาพื้นที่ทั้งหมดของมหาวิทยาลัย จำนวน 5,000 ไร่ ให้เป็นสวนพฤกษศาสตร์ และโดยที่ปีพุทธศักราช 2550 เป็นปีมหามงคลเนื่องในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ทรงเจริญพระชนมายุ 80 พรรษา มหาวิทยาลัยจึงเห็นสมควรที่จะดำเนินการจัดสร้างสวนพฤกษศาสตร์ขึ้นเพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวโดยมีชื่อว่า สวนพฤกษศาสตร์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเฉลิมพระเกียรติ 80 พรรษา มหาราชา  เมื่อวันศุกร์ที่ 21 ธันวาคม พ.ศ.2550